南京明基医院胸外科是医院重点特色专科之一，科室人员配备合理，架构完整，专业素质高，正逐步发展成以胸腔镜微创为特色的胸腔疾病诊疗中心。科内设置胸腔外科及心脏外科.拥有奥林巴斯电视摄像系统+光源一体机EXERAⅡcv-180、奥林巴斯气腹机UHI-3、Ethicon超声刀、人工心肺机尤斯特拉HL20、ACT监测仪、CONMED高频电刀、体外起搏器等设备.设置病床71张.拥有主任医师2人,副主任医师1人.其中硕士及以上学历8人.我科全年三四级重要手术占本科室手术总量的90%以上。

江苏省临床重点专科，南京市临床重点专科，南京医科大学重点学科，南京医科大学硕士培养点。

省级临床重点专科建设单位，南京市临床重点专科，南京医科大学重点学科，自2008年建科以来，已发展成为以微创为特色的现代化泌尿和男性生殖系统疾病诊疗中心

普通外科是南京市医学重点专科.下设胃肠外科,甲乳外科,肛肠外科,肝胆胰外科。拥有美国进口三晶片腹腔镜器械,超声刀,日本进口胆道镜，设置床位72张。现有享受国务院津贴专家1名，台湾专科医师1名，教授、主任医师4名，副主任医师5名，主治医师4名.共发表论文68篇，其中中华级12篇，国家级16篇，省级杂志38篇。

南京明基医院建科于2008年，2012年成为南京市重点临床专科。皮肤科门诊引进了二氧化碳激光治疗机、液氮冷冻喷雾仪、窄波UVB、高频电离子手术治疗仪、白癜风治疗仪、Queen皇后光子美容系统、Q开关Nd：YAG激光治疗系统、氦氖激光治疗仪、半导体激光治疗机、多功能激光光电平台、MedliteC6、科医M22王者之心、德玛莎水光仪、810nm光纤半导体脱毛系统等先进仪器，开展了与皮肤病有关的各种自身抗体的检测、皮肤斑贴试验、过敏原点刺试验、皮肤生理测试、真菌镜检等检查项目

南京医科大学附属明基医院麻醉科是南京市医学重点专科，由知名麻醉学专家段满林教授任学科带头人、科主任，以建设一流学科为目标，以临床科研为导向，以患者需求为宗旨，积极搭建集医疗、教学、科研和转化为一体的学科平台。

南京明基医院肾脏内科为南京市医学重点专科。科室人才梯队完备，技术力量雄厚，承担着南京医科大学的临床教学任务。

神经内科为市重点专科，学科下设帕金森病、头痛、癫痫，脑血管病等亚专科。科设脑电图（含视频脑电图）、TCD、肌电图等先进设备，神经病学研究所拥有分子生物学PCR仪、细胞培养仪、蛋白电泳仪等。设普通病床96张，高危监护室病床8张。年门诊量约25836人次，年出院人数约2086人次。主任医师3人,副主任医师5人,主治医师9人,住院医师6人及技师5人,其中硕士及以上学历13人。

心血管内科建设成功国家胸痛中心，建立了以互联网为载体的24小时会诊平台和一整套健全的健康教育及救治体系。辐射周边100公里以内的二级、一级医院及社区医院，以一种新的模式——卫星胸痛中心或网格化的胸痛中心进行运作。

个体化治疗、精准医疗、微创手术和加速康复。微创手术涵盖各亚专科，包括微创关节置换、运动损伤及骨折关节镜手术，腰椎间盘突出和椎管狭窄等下腰椎病变3D-Viewer辅助手术、脊柱椎间孔镜等，骨折微创手术（各种经皮固定、显微外科修复），关节镜治疗软骨损伤等。

南京明基医院康复医学科成立于2009年11月，现拥有医师10名，其中主任医师1名，副主任医师1名、主治医师6名，住院医师2名；康复治疗师31名，其中副主任治疗师2名，主管治疗师13名；护士13名；矫形师4名；全科硕士及以上学历10名。开放病床59张，门诊和治疗区面积2128m2。

南京市重点医学专科，医院特色科室，拥有一支临床、教学与研究经验丰富的两岸医疗团队和独立病区，科室下设4个专业亚科：耳科、鼻科、咽喉科、头颈外科。

重症医学科于2012年正式建科，实行全封闭管理。年收治病例数近600例。科室担负着全院危重症患者的抢救工作，涵盖内外妇儿等学科，是医院危重病人抢救的重要基地。

南京明基医院护理部，实行护理部主任-科护士长-护士长三级管理，负责全院护理人员的选用、培育、留任、考核与晋升。秉承“以病人为中心”的宗旨，以“B~E~N~Q”为明基护理理念， Better: 成为更好、更棒、更热情的人；Excellent：持续追求专业卓越的工作态度；Nursing Quality: 提供优质精致的护理。实施主护护理模式，护护士根据所负责患者的疾病特点和生理、心理、社会需求，为患者提供全程、专业、人性化的护理服务。

开展常见病、多发病的诊治，并开展多种妇科肿瘤的手术治疗，能完成多种重大手术如：广泛性子宫切除及盆腔淋巴结清扫术、卵巢癌肿瘤细胞减灭术，妇科肿瘤手术放化疗综合性治疗等；开展单孔腹腔镜手术、高难度的3-4级宫腹腔镜手术、盆底功能障碍性疾病的矫正、人工网膜盆底重建手术等，医疗技术达到省内市内先进水平。

南京明基医院急诊科成立于2008年5月，以三级甲等医院的标准组建，场地2600M²，已经成为较大规模的现代化急诊医疗中心。承担南京河西及周边地区广大人民群众急性病和危重病的救治任务，科室内设急诊内科组，急诊外科组，120组。拥有美国萨博心肺复苏器，德国MAQUET呼吸机，监护系统，数码彩超扫描仪，心电图机，除颤仪（含体外起搏），洗胃机，多功能抢救车，配有各种救护设施的救护车2台。

呼吸科是我院重点发展科室。下辖有纤维支气管镜室，肺功能室，呼吸睡眠检测室.拥有YH-2000A多导睡眠监测仪，凯迪泰SW-SM2000多导睡眠监测仪，BF-260奥林巴斯支气管镜及超声支气管镜，PONY-FX便携式肺功能仪，Masterscren Diffusion肺功能仪，各型有创及无创呼吸机。