医院重点特色专科之一，科室人员配备合理，架构完整，专业素质高，正逐步发展成以胸腔镜微创为特色的胸腔疾病诊疗中心。科内设置胸腔外科及心脏外科.拥有奥林巴斯电视摄像系统+光源一体机EXERAⅡcv-180、奥林巴斯气腹机UHI-3、Ethicon超声刀、人工心肺机尤斯特拉HL20、ACT监测仪、CONMED高频电刀、体外起搏器等设备.设置病床71张.拥有主任医师2人,副主任医师1人.其中硕士及以上学历8人.我科全年三四级重要手术占本科室手术总量的90%以上。

江苏省临床重点专科，南京市临床重点专科，南京医科大学重点学科，南京医科大学硕士培养点。

江苏省重点专科、南京市重点专科，是江苏省社会办医疗机构神经外科分会会长单位。在博导的领衔下，一支有高尚职业精神与精湛专业技艺的医护团队为患者提供全方位、高质量的救治与悉心照护。

省级临床重点专科，科室人才梯队完备，技术力量雄厚，承担着南京医科大学的临床教学任务。设有肾脏内科病房，肾脏科高危病房，血液净化中心，肾脏内科门诊，中心实验室；现有享受国务院津贴专家2名，副主任医师2名，主治医师3名；博士研究生3名，硕士研究生7名；在研课题7项，包括2项国自然，1项省自然；发表SCI论文及核心期刊论文20余篇；独立开展双膜血浆置换，免疫吸附，血浆滤过吸附等多种血液净化技术，开展甲状旁腺切除术+前臂种植、甲状旁腺超声微波消融术，彩超或DSA引导下球囊扩张血管成形术、疑难复杂内瘘建立、人工血管动静脉内瘘建立、肾活检及肾脏病理等特色技术。

江苏省临床重点专科、南京市重点医学专科，医院特色科室，拥有一支临床、教学与研究经验丰富的两岸医疗团队和独立病区，科室下设4个专业亚科：耳科、鼻科、咽喉科、头颈外科。

江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、南京市工伤康复定点机构、江苏省工伤康复定点机构、江苏省康复治疗师规范化培训实践基地、南京市全科医生康复医疗技能规范化培训实践基地

普通外科是南京市医学重点专科。现有享受国务院政府津贴专家2名，入选国家百千万人才专家1名、国家级有突出贡献中青年专家1名，台湾专科医师1名，高级职称医师7名，主治及住院医师10余名。教授1名，博士研究生导师1名，硕士研究生导师1名，系南京医科大学外科学硕士、博士研究生培养点。

南京市医学重点专科。科室现有床位85张，神经监护床位8张。医师29人，其中主任医师5人，副主任医师13人。有独立的神经功能检查室，包括神经电生理和超声检查。2020年开设心理门诊。神经病学研究所承担了脑脊液细胞学和药物基因多态性检测以及干细胞研究等临床及科研工作。研究所成为南京医科大学新增硕士生培养点以及南京市重点实验室，2015年7月成为全国首批卒中中心授牌单位，2021年获得南京市卒中中心，全国帕金森病一站式标准中心，江苏省神经内科质控单位。近五年获得江苏省医学引进新技术奖二等奖1项，南京市卫健委医学新技术奖二等奖1项。

急诊科为南京市医学重点专科，专科布局精准完善，现已建成急性创伤、急性中毒、急性胸痛、急性脑卒中、急性腹痛五大特色亚专科，打造腹痛、胸痛疾病一站式闭环高效诊疗模式；构建院内急危重症一体化救治体系与多学科协作（MDT）综合救治大平台，实现各类急危重症的快速分诊、精准救治与全程管理。

南京市医学重点专科。2017年4月，通过国家胸痛中心认证，2021年通过国家胸痛中心再认证，2025年6月，通过国家心衰中心认证。2025年通过国家心衰中心认证。下设冠心病、心律失常、心脏康复、心脏瓣膜病四大亚专科建设，拥有独立的心脏介入导管室，可独立完成包括CRT-D、TAVR、CTO等心内科一般技术项目和重点技术项目。

南京市市级临床重点专科，南京大学医学院附属鼓楼医院生殖专科联盟成员单位、苏皖地区盆底MDT诊疗联盟理事单位、中国妇幼保健协会产后恢复（康复）技术指导中心

南京医科大学附属明基医院麻醉科是南京市医学重点专科，以建设一流学科为目标，以临床科研为导向，以患者需求为宗旨，积极搭建集医疗、教学、科研和转化为一体的学科平台。科室现有麻醉医生24人，其中主任医师6名、副主任医师3名、博士1名、硕士3名。

骨科部为医院重点发展科室，于2018年评审通过并成为南京市医学重点专科。科室展开床位110张，有脊柱专科、关节专科、创伤专科、与手足显微专科亚专科。下设颈椎病研究中心、糖尿病足中心。科室现有医师34人，其中主任医师7人（教授1人，副教授1人、博士生导师1人，硕士研究生导师3人），副主任医师8人，博士5人，硕士14人。

南京市医学重点专科，南京市安宁疗护首批试点单位之一，江苏省安宁疗护师资培训实践基地。科室病区拥有多功能室、谈话室和花园，配备先进医疗设备，如高流量呼吸湿化治疗仪和自控镇痛泵，为华东地区三甲医疗机构设置床位规模最大的独立安宁疗护病区。

南京市临床重点专科，科室拥有医师16人，护士20人。其中主任医师5人、副主任医师2人、主治医师2人，住院医师7人、技师2人、临床药师1人；其中博士学位2人，硕士学位7人。科室发表国内外论文20余篇。本部床位数：128张，其中RICU18张，单间床位16张

南京市医学重点专科、江苏省重症专科联盟理事单位、江苏省创伤急救联盟理事单位，近年来,获得南京医科大学课题2项。发表研究SCI论文2篇,还获得发明专利授权7项,新申报发明专利4项。2019年重症医学科成功加盟并分别成为江苏省重症专科联盟的理事单位和江苏省创伤急救联盟的理事单位。有多名专家在省市级医学会多个专业委员会及学组中任职。

南京市医学重点专科，江苏省社会办医疗机构协会护理分会会长单位、江苏省护理学会非公医疗机构护理管理专委会主任委员单位。学科带头人潘奎静副院长领衔，秉持“以人为本”的宗旨，推行责任制整体护理。护理部拥有一支中高级护理职称占比34%，专科护士140余人的护理团队，以患者安全为核心、患者体验为导向，创新护理服务模式，深化优质服务内涵，推动护理学科高质量发展。

市重点专科，目前已成为集医教研为一体的三级甲等综合医院超声医学科。拥有16名医师，其中高级职称10名，7名硕士学历。科室拥有13台中高端超声诊断仪器，能够满足绝大部分医教研工作需求。设有4个亚专业组：心脏血管组、浅表肌骨组、妇产盆底组、腹部介入组。在学科带头人孙红光主任带领下，近几年科室开展了超声造影、弹性成像、右心声学造影、经食管超声心动图、黑质超声、肌骨超声、盆底超声、介入超声、斑点追踪应变成像的临床应用等新技术新项目，结合明基医院特点开展特色技术如：造瘘血管的超声监测、甲状旁腺围手术期的超声监测等。