南京明基医院是台湾明基佳世达集团与南京市国资集团经国家卫生部和商务部批准于2003年共同投资设立。2015年经江苏省卫计委及南京市投促委批准成为独资经营医院。2022年获评三级甲等综合医院。医院致力于医疗、教学、科研、运营四位一体的学院型医院建设。是南京医科大学附属医院，东南大学医学院教学医院，南京中医药大学教学医院。

南京明基医院坐落在南京河西新城，占地600亩，一期占地200亩，建筑面积27万平方米，设置床位1500床。依三级综合性医院标准建设，2008年正式运行。二期于2025年2月开始运行，项目总建筑面积约10.7万㎡。规划床位1000张。截止目前医院总投资额已达20亿元人民币。在职员工现有2400余人。建立覆盖全职类员工的企业年金制度。开业迄今十八年，已为一千五百多万南京地区民众提供台湾模式优质的医疗服务，年度门、急诊总量逾百余万人次，出院总量逾5万余人次。其诚信医疗和全人服务的理念赢得广大民众的信赖和卫生行政部门的好评。

院内设有临床科室43个，医技科室12个。现有国家临床重点专科1个；江苏省省级临床重点专科6个；江苏省特色科室1个；南京市医学重点专科16个。建立了一批以肾内科、耳鼻咽喉科头颈外科、胰腺病医院、肠瘘与腹腔感染中心、神经外科、骨科为代表的特色学科。

汇聚大陆、台湾及海外医疗专家，其中享受国务院特殊津贴专家7人，江苏省有突出贡献中青年专家3人，江苏省双创人才3人，江苏省卫生创新团队2个，江苏省特聘医学专家4人，博士生导师8人，硕士生导师19人。江苏省医院协会副会长单位。中国非公医疗机构协会副会长单位。

医院是江苏省博士后创新实践基地、江苏省血液净化技术培训基地、江苏省限制类技术培训基地（鼻科内镜诊疗技术、咽喉科内镜诊疗技术）、江苏省康复治疗师规范化培训实践基地、美国心脏协会（AHA）认证的心血管急救培训中心、南京市市级专科护士培训基地。为首批国家胸痛中心认证单位，通过南京市卒中中心认证，被授予南京市创伤救治中心。获评“全国健康管理示范基地”，为国家药物临床试验机构，检验科、输血科通过ISO15189评审认可。

纳入南京医科大学第四临床医学院管理，教学职能覆盖院校教育、毕业后医学教育、继续教育，医学教育全阶段。医院每年接受理论见习学生、实习生、研究生、住院医师、进修生等来院学习人员五百余人。组建专职科研队伍，投入千余万元建设科研公共实验室，为科研创新提供了坚实的平台支撑，获批南京市咽喉头颈肿瘤医学重点实验室、南京医科大学外科感染与免疫临床转化研究中心。连续多年获国家自然科学基金、江苏省自然科学基金项目资助，在研各类纵横向课题百余项，发表高水平论文百余篇。

2025年获艾力彼全国社会办医单体医院100强第六名。江苏省第一名。

是医保定点与商保合作医疗机构。医院于开院之初即成立国际医疗中心，提供全方位尊享特需高端医疗服务。同时，医院已与50余家国内外商业保险机构合作，提供便利的保险责任内免现金直付服务。建立台胞医疗服务中心，为台胞提供全方位医疗保障。南京市首家开通医保智捷付，医保刷脸付、移动付、互联网付、信用付、亲情付等医保移动脱卡支付全覆盖。

医院积极承担社会责任。与建邺区、雨花区、六合区等二十余家社区卫生机构建立医联体。并与南京周边区县及城市建立医疗合作。

医院将朝着建设一个“强专科，大综合，国际接轨，台湾特色，智慧型三甲医院”的方向稳步迈进。